Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Боярская средняя общеобразовательная школа», создано в середине тридцатых годов в результате реорганизации начальной школы в семилетнюю. Семилетняя школа реорганизована в Совхозную среднюю школу в 1964 году. Совхозная средняя школа с 01.06.1971 года была переименована в Боярскую среднюю общеобразовательную школу. На основании Постановления Администрации Колыванского района от 15.02.1996 № 61 зарегистрирована как Боярская средняя общеобразовательная школа. В 2000 году переименована и зарегистрирована как государственное образовательное учреждение Боярская средняя общеобразовательная школа. В 2002 году зарегистрирована как государственное образовательное учреждение - Боярская средняя общеобразовательная школа. В 2005 году переименована и зарегистрирована как муниципальное образовательное учреждение - Боярская средняя общеобразовательная школа. В 2011 году переименована и зарегистрирована как муниципальное бюджетное образовательное учреждение "Боярская средняя общеобразовательная школа" (МБОУ "Боярская СОШ").
В декабре 2015 года переименована и зарегистрирована как муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение "Боярская средняя общеобразовательная школа" (МБОУ "Боярская СОШ").